Covid-19 : Eris, BA.4, BA.5… que sait-on des sous-variants Omicron ?

Le virus de la Covid-19 mute continuellement et de nombreux variants du SARS-CoV-2 circulent à travers le monde. Certains sont qualifiés de « variants préoccupants » (VOC) ou de « variants à suivre » (VOI) car leur impact (transmissibilité, contagiosité, échappement immunitaire potentiel) justifie la mise en place d’une surveillance particulière et de mesures de gestion spécifiques. Le variant Omicron, et en particulier son sous-lignage EG5.1 (Eris), est actuellement majoritaire en France.

Le variant Omicron représente aujourd’hui 100 % des séquences de Covid-19 analysées en France. Ce variant du coronavirus a été détecté le 25 novembre 2021 en Afrique du Sud. Baptisé « Omicron » par l’OMS (B.1.1.529), il présente un nombre « extrêmement élevé » de mutations. « Les trois caractéristiques majeures d’Omicron sont sa transmissibilité élevée, son échappement immunitaire et sa moindre sévérité » selon Santé publique France.

Le nombre d’hospitalisations en réanimation liées au variant Omicron serait moins important qu’avec le variant Delta qui a circulé à l’automne et à l’hiver derniers. Selon une étude publiée le 10 janvier 2022 par l’Assistance publique-hôpitaux de Paris (AP-HP), la probabilité d’avoir recours aux soins critiques était ainsi « trois fois plus élevée chez les patients infectés par le variant Delta que par le variant Omicron ». L’AP-HP a étudié la part du variant Delta et du variant Omicron chez les nouveaux patients hospitalisés dans ses services pour Covid-19 entre le 1er décembre 2021 et le 4 janvier 2022, en soins critiques et en hospitalisation conventionnelle.

En septembre 2022, plusieurs nouveaux vaccins (élaborés par Pfizer et Moderna) ont été acceptés en Europe et en France pour lutter plus spécifiquement contre le variant Omicron. Ces vaccins dits « bivalents » ciblent les sous-variants d’Omicron BA.1, ainsi que BA.4 et BA.5 en même temps que la souche originelle de la Covid-19. Dans un avis publié le 20 septembre 2022, la HAS (Haute autorité de santé) « recommande d’utiliser indifféremment l’un des trois vaccins bivalents adaptés aux variants d’Omicron validés récemment par l’Agence européenne du médicament » en dose de rappel pour les personnes à risque et leur entourage (source 1). Selon le directeur général de l’OMS (Organisation mondiale de la santé) Tedros Adhanom Ghebreyesus, le taux de réinfection du variant Omicron est beaucoup plus élevé qu’avec les autres variants de la Covid-19.

Quels sont les différents sous-variants d’Omicron ? Que sait-on à propos de leur circulation et de leurs symptômes ?

Le sous-variant Omicron Eris (EG5.1), initialement repéré en Inde, serait majoritaire aujourd’hui en France, mais aussi aux États-Unis et au Royaume-Uni notamment. Il a été classé « variant à suivre par l’OMS » et serait en cause d’une hausse de l’épidémie de Covid-19 cet été 2023. Il serait donc potentiellement plus contagieux que les variants qui circulaient jusqu’ici. Il est associé aux symptômes habituellement rencontrés avec la Covid-19 : toux, mal de gorge, fatigue, fièvre, maux de tête…

En France, les sous-variants d’Omicron BA.4 et BA.5 continuent de circuler. Face à la contagiosité de ces variants, ils sont classés comme « variants préoccupants » sous surveillance par l’OMS.

Selon une analyse de risque des variants de la Covid-19 de Santé Publique France publiée le 15 juin, les symptômes les plus fréquents en cas d’infection aux variants BA.4 et BA.5 sont :

• la fatigue ;
• la toux ;
• la fièvre ;
• les maux de tête ;
• la congestion ou l’écoulement nasal.

D’autres symptômes peu signalés auparavant apparaissent, comme les troubles digestifs. « La probabilité de présenter anosmie (perte d’odorat) et agueusie (perte du goût), mais aussi nausées, vomissements et diarrhée est plus élevée pour les cas de BA.4/BA.5 » détaille l’agence de santé. La durée des signes cliniques est en moyenne de 7 jours pour les cas de BA.4 et BA.5. Après une infection des autres sous-variants d’Omicron, les symptômes duraient en moyenne 4 jours.

Signalé le 14 décembre 2020 à l’Organisation mondiale de la santé (OMS), le variant 20I/501Y.V1 (variant Alpha), est apparu en Angleterre au mois de septembre 2020 et était majoritaire en France en 2021. À ce jour en France métropolitaine, il ne circule plus.

« Ce variant est associé à une transmissibilité accrue (de 43 à 90 %) et possiblement à une forme plus sévère de la maladie, à un plus haut risque d’hospitalisation (40-64 %) et à une mortalité plus élevée (30-70 %) », indiquait Santé publique France dans son bilan hebdomadaire du 29 avril 2021. Par ailleurs, ce variant peut contaminer les chiens et les chats. En revanche, le risque de transmission du coronavirus des animaux de compagnie vers l’homme est considéré comme faible.

Le variant Beta, 20H/501Y.V2, a été détecté en Afrique du Sud au mois de décembre 2020. Sa présence a toutefois été minoritaire en France en 2021 et est aujourd’hui nulle.

Santé publique France estimait que le variant Beta était préoccupant en raison de sa contagion élevée. « Des études préliminaires suggèrent que ce variant est associé à une transmissibilité plus élevée de 50 % et un risque plus élevé d’échappement immunitaire et de réinfection. Certaines recherches indiquent un risque accru de décès à l’hôpital de l’ordre de 20 %. Ce variant aurait la capacité d’échapper à la réponse immunitaire post-infection et post-vaccinale, et pourrait par conséquent accroître le risque de réinfection ».

Identifié début février 2021 en France, le variant Gamma, 20J/501Y.V3, aurait émergé courant décembre 2020 à Manaus (Brésil). Comme le variant sud-africain, il présente la mutation E484K qui pourrait lui permettre d’échapper partiellement à la réponse immunitaire de l’organisme. Ce variant est resté minoritaire en France et n’est plus localisé.

Le variant Delta a été identifié pour la première fois à l’automne 2020, dans la région de Nagpur, en Inde. À date, ce variant n’est quasiment plus détecté.

Il est classé comme variant anciennement préoccupant par l’OMS. Le variant Delta, très contagieux, a réduit à 40 % l’efficacité des vaccins contre la transmission de la Covid-19, avait annoncé le patron de l’Organisation mondiale de la santé (OMS), mercredi 24 novembre.

Ce lignage inclut trois sous-lignages, caractérisés par les mutations L452R et P681R : B.1.617.1 (Kappa, VOI), B.1.617.2 (Delta, VOC), le plus fréquent en France, et B.1.617.3. Chacun des variants indiens implique un risque différent, selon le Conseil scientifique (avis du 24 mai 2021) :

• Le sous-lignage B.1.617.2 (variant Delta) a été le lignage le plus fréquemment détecté en France et en Europe. À noter qu’il comporte également des mutations spécifiques additionnelles pouvant lui conférer un avantage de transmissibilité supérieur aux deux autres lignages.
• Le sous-lignage B.1.617.1, (variant Kappa) qui présente aussi la combinaison des deux mutations, a été détecté en Europe et en France, mais à une fréquence faible en comparaison du lignage B.1.617.2. Parmi les trois virus, c’est celui qui présente la différence antigénique la plus importante par rapport à la souche historique « Wuhan » et donc un risque d’échappement immunitaire. Il est classé VOI.
• Le sous-lignage B.1.617.3, qui présente la combinaison des mutations L452R (pouvant être associée à une augmentation de la transmissibilité du virus) et E484Q (responsable de l’échappement immunitaire partiel post-infectieux et post-vaccinal) a très peu diffusé en Inde et hors de l’Inde.

On peut être infecté par deux variants du Covid en même temps. Ce phénomène est la particularité du variant XD. Ce variant est un recombinant issu de Delta et Omicron (ex- « Deltacron »). Détecté pour la première fois en janvier 2022, ce variant a quasiment disparu en France, il a été détecté à des niveaux faibles depuis début janvier 2022 et représentait moins de 0,1 % des infections dans le pays selon Santé Publique France. Ses symptômes étaient les mêmes qu’avec le variant Omicron, avec un taux plus élevé de la perte du goût et de la perte d’odorat.

Comment expliquer ce phénomène ? « Lorsque deux variants circulent en même temps, certaines personnes peuvent être infectées par deux variants simultanément. Ces co-infections peuvent donner lieu à des phénomènes de recombinaison, c’est-à-dire des échanges de matériel génétique entre les deux variants » explique Santé Publique France. Le recombinant possède donc un génome correspondant en partie à celui du premier variant et en partie à celui du second variant et c’est le cas du variant XD.

Afin de se protéger contre les variants du coronavirus, il est important de maintenir les gestes barrières. Il n’y a par contre plus d’obligation d’isolation depuis février 2023.

Il est recommandé aux personnes cas contact et positives certaines règles sanitaires pour briser les chaînes de transmission du Covid-19 :

• réaliser immédiatement un test de dépistage (RT-PCR ou test antigénique) ;
• en cas de test positif, informer les personnes que l’on a croisées dans les 48 h après avoir rencontré la personne malade et leur recommander de limiter leurs contacts ;
• respecter les gestes barrières ;
  • limiter les interactions sociales et éviter tout contact avec des personnes à risque de forme grave même si elles sont vaccinées ;
  • porter un masque en présence d’autres personnes ;
• réaliser une auto-surveillance de la température et de l’éventuelle apparition de symptômes, avec un test de dépistage immédiat en cas de symptômes, quel que soit l’âge.

Par définition, les virus mutent en permanence pour s’adapter aux hôtes qu’ils viennent contaminer. Plus les virus se répandent et plus ils doivent muter afin de rester « performants ». Mais lorsque les virus se multiplient dans les cellules, leur « recopiage » peut induire des changements de leur séquence génétique. On parle alors de « variants » ou de « souches variantes » pour désigner des souches virales sur lesquelles se sont fixées plusieurs mutations.

Si ces mutations sont sans incidence la plupart du temps, certaines peuvent permettre aux virus de pénétrer plus facilement dans les cellules, de s’y multiplier plus vite et de devenir plus contagieux. Elles peuvent aussi mettre à mal l’immunité développée par les patients ayant déjà été contaminés par la Covid-19 et impacter l’efficacité des vaccins mis sur le marché.

Les variants du coronavirus sont classés en trois catégories par l’Organisation mondiale de la santé (OMS), selon les conséquences qu’ils peuvent engendrer :

• Les variants préoccupants, ou VOC (« variant of concern » en anglais). Il s’agit de variants pour lesquels il a été démontré en comparant avec un/plusieurs virus de référence :
  – une augmentation de la transmissibilité ou un impact défavorable sur l’épidémiologie de Covid-19 ;
  – une augmentation de la gravité ou un changement de présentation clinique ;
  – une diminution de l’efficacité des mesures de contrôle mises en place (mesures de prévention, tests diagnostiques, vaccins, molécules thérapeutiques) OU
• Les variants à suivre, ou VOI (« variant under investigation » ou « variant of interest » en anglais). Il s’agit de variants caractérisés par des modifications génétiques, dont on sait qu’elles affectent (ou dont on prévoit qu’elles affecteront) les caractéristiques du virus telles que la transmissibilité, la gravité de la maladie, l’échappement immunitaire, la capacité d’échapper au diagnostic ou au traitement. Pour être classé comme VOI, un variant doit aussi être responsable d’une transmission communautaire importante dans plusieurs pays, entraînant une prévalence relative croissante ainsi qu’une augmentation du nombre de cas dans le temps, ou d’autres conséquences épidémiologiques observables qui font craindre un risque émergent pour la santé publique mondiale.
• Les variants en cours d’évaluation, ou VUM (« variant under monitoring » en anglais). Il s’agit de variants pour lesquels les chercheurs ne disposent pas encore d’éléments virologiques, épidémiologiques ou cliniques probants en faveur d’un impact en santé publique, malgré la présence de mutations retrouvées chez un ou plusieurs VOC ou VOI.

Pour lutter contre la propagation des variants, tout test (antigénique, autotest) donnant lieu à un résultat positif fait obligatoirement l’objet d’une RT-PCR de criblage en seconde intention. « Ce second test permet de déterminer s’il s’agit d’un variant », note la DGS (Direction générale de la santé).

Les laboratoires utilisent un kit RT-PCR spécifique, capable de distinguer les mutations de la souche classique et des variants du coronavirus. Ils doivent en transmettre les résultats dans un délai inférieur à 36 heures aux laboratoires ayant réalisé le premier test PCR.

À noter : si vous avez réalisé un test antigénique et qu’il s’avère positif, il vous faudra réaliser un second test PCR pour qu’il puisse faire l’objet d’un criblage.